晶码战士第1部全集本剧讲述了在起源大陆的神界，异世界来客葛雷联合人类勇士陆琳对抗玄武国暴君和黑暗魔族，团结一致共同抗敌，维护大陆和平的故事。主角葛雷作为上古巫妖族的后裔，因时空错乱来到人间，恰逢玄武国王为了一己私欲，将国家出卖给魔族。玄武国中以宰相陆炎为首的正义之士联名反对，却遭到国王的残忍迫害。宰相陆炎的女儿陆琳继承了父亲的遗志，为拯救玄武国、保护人间而奋起抵抗。在格雷的帮助下一路奋勇前行，历经无数挑战，终于战胜暴君和魔族，让人间重归和平。